Los inicios de la Institución Educativa Nº 5129 se remonta al mes de febrero del 2000, cuando pobladores de Villa el Salvador fueron desalojados. Es allí que el ex presidente ALBERTO FUJIMORI reubica a las familias, existiendo una gran población educativa. En aquel tiempo se encontraba como Directora de la Dirección Regional de Educación del Callao (DREC) la Lic. JUANA BERTHA ORTIZ ROLDAN, quien por mandato constitucional y un derecho obligatorio a la Educación con el reconocimiento legal, se anexa al C.E. KEIKO SOFIA FUJIMORI. En el año 2000 se da inicio al año electivo con 600 alumnos aproximadamente en 15 secciones del 1 al 6 grado bajo la Coordinación de la Profesora Elizabeth Fuentes Chapoñan y posteriormente a la profesora Vilma Aguilar Rojas. El 22 de Mayo del 2001 se aprobó la resolución de creación de la I. E. Nº 5129 con R.D. N. º 1244 contando con 650 alumnos. 18 secciones del 1° al 6° grado siendo encargada como Directora la Profesora VILMA AGUILAR ROJAS que con fecha 11 de mayo del 2000 con la R.D. Nº 1553 se le confió la encargatura de la dirección , posteriormente con fecha 06 de septiembre del 2001 con Resolución Directoral Nº 2661 se le confía la encargatura de la dirección de la I.E. teniendo como principal labor la inscripción a los registros públicos y de COFOPRI la constancia de posición del terreno de la institución, creación de más plazas docentes en el presupuesto de la DREC, construcción de 3 módulos y 3 aulas de esteras para la atención de los niños, construcción de baños ecológicos .

El 8 de marzo del 2002 se hace cargo de la Dirección la Profesora ROSA MANOSALVA DIAZ, en concurso público además se nombraron 8 docentes y se realiza las primeras gestiones para la panadería escolar. Se creó la primera biblioteca escolar y Se iniciaron trámites para la construcción de la I.E. En el año 2004 la Dirección estaba a cargo de la Profesora ESMILA PONCE ROJAS, gestionó el alumbrado y Saneamiento físico legal. Se continúo con los trámites para la construcción de la I.E. El mismo año contando con 27 secciones con 950 alumnos aproximadamente matriculados en dos turnos: mañana y tarde, 15 secciones en la mañana y 12 secciones en la tarde, a la I.E. se le reconoce por derecho la plaza de SUB DIRECCIÓN Al contar con docentes en condición de contrato en plazas no codificadas se logró tener plazas por transferencias y codificadas por el Ministerio de Educación En el mes de febrero del 2005 se hizo cargo de la dirección el profesor JUAN JOSE SOTOMAYOR MERCADO ,quien durante su gestión mediante concurso Interno con participación de Padres , docentes y alumnos se dio el nombre a la institución Educativa de” Vencedores de Pachacútec” otorgado mediante Resolución de la DREC En el año 2006 se hizo cargo la dirección la Profesora AIDA CAMARENA CASTELLANO, quien continúo con la labor para que el colegio avance y se desarrolle por el bien de los niños y hacer de la educación una gran nación. Con el apoyo de una empresa privada del Callao por una información de un padre de familia, ante preguntas de colegio con mayores necesidades se había considerado a la I.E. 5129 y esta información llega a la embajada alemana el cual en enero del 2006 llega el embajador de Alemania en el Perú conjuntamente con funcionarios del Gobierno Regional para apoyar con necesidades urgentes. En la I.E. el embajador le hizo recordar en tiempos de conflicto en Europa de niño se le aprecia los módulos de aula, arena, etc. cuando el sufría, pero que el aprendió a elaborar pan, el cual propuso si podría dar un horno equipado para I.E. El cual fue aceptado donde estaba como director el Licenciado Juan Sotomayor Mercado; pero tenia que respetarse el perfil y la justificación a esta donación que se reflejo en la gestión de la Licenciada Aida Camarena Castellano; es así que llega estos bienes de donación en noviembre del 2006. En el 2008 continúa en el cargo de la Dirección la Profesora AIDA CAMARENA CASTELLANO, continuando su gestión del comedor y consolidó el equipamiento de la panadería. Así mismo se llegó a contar con 750 alumnos aproximadamente matriculados en dos turnos: mañana y tarde, 13 secciones en la mañana y 12 secciones en la tarde 25 docentes Profesionales titulados muchos de ellos continuando sus estudios de complementación Maestría al cual sabemos que aplicaran sus conocimientos al mismo tiempo que ayudara a que los niños también mejoren su formación Desarrollando un Proyecto Institucional autogestionarios sobre el taller de Panadería con la venta variada de productos relacionados a la misma, así también muy prontamente la apertura del comedor estudiantil para los niños; ya que los beneficiados serán los alumnos y alumnas de la Institución Educativa gracias a la donación que se recibirá a través de las gestiones de los Directores.

En el 2009 la I.E. esta cargo de la gestión como director el profesor JOSÉ GONZALEZ ROJAS con R.D.Nº 003646, en la encargatura de la plaza de sub. dirección asume la profesora NORMA J. TASAYCO HUAMÁN ambos trabajaron por la buena organización de la I.E. extendiendo las alianzas estratégicas con las organizaciones y apoyo social gubernamental y no gubernamental. En el año 2010 continúan las mismas autoridades del año 2009 contando con el apoyo y respaldo de la UGEL VENTANILLA , trabajando coordinadamente con los representantes de la institución educativa y fuera de ella , APAFA, CONEIs, DOCENTES, GOBIERNO REGIONAL ,UGEL iniciándose la construcción de la I.E. LA MISMA QUE SE RECEPCIONÓ DEBIDAMENTE EQUIPADA. contamos con una plana de docentes con estudios de post grado , segunda especialidad y especialización en el III CICLO DE Ed .Primaria, Participantes en la convocatoria del gobierno regional del Callao en los cursos de INTEL y OFIMATICA y EDUBI,lo cual realza el valor innato de los docentes y su preocupación por brindar un excelente servicio. Durante esta gestión se elaboró el PEI tomando en cuenta la problemática aprobados en el plenario de los docentes. En el año 2011 la I.E. estaba a cargo la Lic. Esmila Ponce Rojas cumpliendo una destacada labor de la mano de la Sub-directora la Profesora María Tello Rafael. En el año 2012 la encargatura de Dirección está bajo la responsabilidad de la Lic. Santos Mercedes Lévano Martínez, quien ha cumplido su labor al frente de la institución educativa, en forma conjunta con docentes, padres de familia para mejorar la enseñanza de nuestros niños y niñas, la Directora propone la encargatura de la plaza de Subdirección a la profesora Magnolia Rocío Cornejo Peralta. En el periodo 2013 la DREC-UGEL Ventanilla convocaron a concurso para cubrir las plazas de encargaturas a nivel de la Región Callao y quien asume la Dirección profesor ÁNGEL EDWIN NÚÑEZ ZEGARRA y la Subdirección a cargo de la Profesora FANNY SOSA VELARDE, quienes asumen la responsabilidad de conducir realizando cambios significativos para el buen desempeño docente y en pro de los niños(as) de la I.E. En la actualidad continua asumiendo la Dirección EL Prof. Ángel NUÑEZ ZEGARRA y en la Sub dirección la Lic. Gladys CACHAY BURG, quienes vienen trabajando coordinadamente fortaleciendo la gestión pedagógica de nuestra I.E. En mérito al concurso público para acceso a cargo de Director y Subdirector convocado por el ministerio de educación a partir del 1° de marzo asume como director titular el Mg. FRANCISCO ABEL MANRIQUE YZAGUIRRE y la subdirección a cargo de la LIC. SANDRA ALHUIRCA YUCA,quienes asumen la responsabilidad de conducir realizando cambios significativos para el buen desempeño docente y en pro de los niños (as) de la IE